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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.02g137500

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm02
Start:14220675
stop:14226291
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.02g137500
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G59660.1AT C2 domain-containing protein / GRAM domain-containing protein JGI N/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding JGI N/AIEA
PTHR10774Panther EXTENDED SYNAPTOTAGMIN-RELATED JGI N/AIEA
PTHR10774:SF24Panther JGI N/AIEA
PTHR23319Panther UNCHARACTERIZED JGI N/AIEA
PF00168PFAM C2 domain JGI N/AIEA
PF02893PFAM GRAM domain JGI N/AIEA

Proteins Associated with Glyma.02g137500
LocusGene SymbolProtein Name
C2-7 C2 domain containing protein gene 7

Expression Patterns of Glyma.02g137500
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.02g137500 not represented in the dataset
Glyma.02g137500 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.02g137500
ParalogEvidenceComments
Glyma.07g207900 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.02g137500 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma02g15531 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.02g137500
>Glyma.02g137500.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.14 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.15 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.16 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.17 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.17.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.18 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.18.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.19 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.19.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.9 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.02g137500
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>Glyma.02g137500.11 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.11.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.12 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.12.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.15 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.15.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.16 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.16.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.18 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.18.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.18.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.19 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.19.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.19.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.2.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.20 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.20.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.20.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.21 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.21.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.21.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.22 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.22.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.22.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.27 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.27.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.27.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.3.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.4.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.5.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.8.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g137500.9.p locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.02g137500
>Glyma.02g137500.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.1 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.10 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.11 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.12.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.12 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.13.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.13 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.14.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.14 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.15.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.15 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.17.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.17 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.17.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.18.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.18 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.18.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.2 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.24.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.24 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.24.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.25.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.25 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.25.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g137500.26.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g137500.26 locus=Glyma.02g137500 ID=Glyma.02g137500.26.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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