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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT2G23740.2 | AT | nucleic acid binding;sequence-specific DNA binding transcription factors;zinc ion binding | JGI | N/A | IEA |
GO:0032259 | GO-bp | methylation | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0034968 | GO-bp | histone lysine methylation | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0034968 | GO-bp | histone lysine methylation | JGI | N/A | IEA |
GO:0005634 | GO-cc | nucleus | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005634 | GO-cc | nucleus | JGI | N/A | IEA |
GO:0005694 | GO-cc | chromosome | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0003676 | GO-mf | nucleic acid binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005515 | GO-mf | protein binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005515 | GO-mf | protein binding | JGI | N/A | IEA |
GO:0008168 | GO-mf | methyltransferase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0008270 | GO-mf | zinc ion binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0008270 | GO-mf | zinc ion binding | JGI | N/A | IEA |
GO:0016740 | GO-mf | transferase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0018024 | GO-mf | histone-lysine N-methyltransferase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0018024 | GO-mf | histone-lysine N-methyltransferase activity | JGI | N/A | IEA |
KOG1082 | KOG | Histone H3 (Lys9) methyltransferase SUV39H1/Clr4, required for transcriptional silencing | JGI | N/A | IEA |
PTHR22884 | Panther | SET DOMAIN PROTEINS | JGI | N/A | IEA |
PTHR22884:SF1 | Panther | JGI | N/A | IEA | |
PF00856 | PFAM | SET domain | JGI | N/A | IEA |
PF05033 | PFAM | Pre-SET motif | JGI | N/A | IEA |
Glyma.02g060500 not represented in the dataset |
Glyma.02g060500 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.16g143100 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma02g06771 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.02g060500.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g060500 ID=Glyma.02g060500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.02g060500.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g060500 ID=Glyma.02g060500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.02g060500.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g060500 ID=Glyma.02g060500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||