Glyma.02G234300

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Warning: get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.02G234300): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.02G234300

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm02
Start:	42172809
stop:	42179599
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.02G234300

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT2G23140.1	AT	RING/U-box superfamily protein with ARM repeat domain	JGI	N/A	IEA
GO:0016567	GO-bp	protein ubiquitination	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0016567	GO-bp	protein ubiquitination	JGI	N/A	IEA
GO:0000151	GO-cc	ubiquitin ligase complex	JGI	N/A	IEA
GO:0005634	GO-cc	nucleus	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005737	GO-cc	cytoplasm	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0004842	GO-mf	ubiquitin-protein transferase activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0004842	GO-mf	ubiquitin-protein ligase activity	JGI	N/A	IEA
GO:0005488	GO-mf	binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005515	GO-mf	protein binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005515	GO-mf	protein binding	JGI	N/A	IEA
GO:0016740	GO-mf	transferase activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
PTHR23315	Panther	BETA CATENIN-RELATED ARMADILLO REPEAT-CONTAINING	JGI	N/A	IEA
PTHR23315:SF43	Panther		JGI	N/A	IEA
PF00514	PFAM	Armadillo/beta-catenin-like repeat	JGI	N/A	IEA
PF04564	PFAM	U-box domain	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.02G234300

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.02G234300 not represented in the dataset	Glyma.02G234300 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Related Legume Genes

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

Related Plant Genes

Gene families from PhyloGenes.

Gene model name correspondences to Glyma.02G234300 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma.02g234300	Wm82.a4.v1	ISS	As supplied by JGI
Glyma02g40051	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.02G234300

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.02g234300.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g234300 ID=Glyma.02g234300.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g234300.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g234300 ID=Glyma.02g234300.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g234300.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g234300 ID=Glyma.02g234300.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g234300.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.02g234300 ID=Glyma.02g234300.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.02G234300

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.02g234300.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g234300.7.p locus=Glyma.02g234300 ID=Glyma.02g234300.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g234300.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g234300.8.p locus=Glyma.02g234300 ID=Glyma.02g234300.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.02g234300.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.02g234300.9.p locus=Glyma.02g234300 ID=Glyma.02g234300.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.02G234300

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.02g234300.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.02g234300.2 locus=Glyma.02g234300 ID=Glyma.02g234300.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain