Glyma.01g203000

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.01g203000

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm01
Start:	53562571
stop:	53581455
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.01g203000

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT5G47020.1	AT		JGI	N/A	IEA
GO:0016020	GO-cc	membrane	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0016021	GO-cc	integral component of membrane	EnsemblGenomes	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.01g203000

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology


Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

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Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.01g203000

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.11g040000	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.01g203000 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma01g41140	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.01g203000

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.01g203000.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g203000 ID=Glyma.01g203000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TTTATCAGAGGTCAGAATCCAGCTCTACAGAAGCGTAACGTAGCTTGGACTCGTACAGACTCTTTCTCATTTCATTTCTCTATTCTCTATTGCCAGCCAGCTTTCTTTCATTGTTAATTTTATTTATTTTGCATCCCATTAATTACGAAAAACaagaaaagtaaaagtaaaagcaaaagagaaagCGACGCACACACCATCTTCTGACTTAGACCAACAACAATTGTTACCATAATTCAACCTTCCAAGATTCAGTTTCAGTGCATTTTTTCCACTCTGCTCACTCTTCTTCTACCCTTACTTACGAATAAATGTATAAAAGTGGCTTCCTTGAGGACCAATCCCTATGGAGGTGGTGATGCAGTTTGTGGTAATGCATTGGAACCTCTGGTGCTGCATTCTTTTGGGATATCTTCAGATATCTTGTATTTCTCTTAGTTCAGGACATCACTTGAATAGGAGTACTGGCTTAGAAAATTGGTTGGGTTATTCTGGGTCACTTGTGGGAGATGATTCTCTACTCTATGATTCTGCATTTGTCGAAACATCAACTTCGTCATTCCCATTGAATGAGTCAGTCTCTTGTGAGGACTTGGAAGGTGTAGGATCTTTTAATACCACGTGCTTGCTAAGCTCAACTCATTATTTAAAATCTGATATTTACATTTATGGTGTTGGAAACCTGGAGATACTCTCTGATGTGTCACTTTTATGTCCCATGGAAGGGTGTATGATAACAGTCAATGTATCCGGCAACGTTAAACTTGGTCAAGATGCATCCATTGTTTCTGGCTCTGTGGTTTTATCTGCAGCCAATCTGACAATGGGATACAATTCTTATATAGACTCATCATCTTTAGGAGGGTCTCCACCTTCCCAAACTAGTGGCACACCTGTTGGCAACGATGGAGCTGGTGGAGGGCATGGTGGGCGTGGTGCATCTTGTTTAAAAAATAACAAGACAAACTGGGGTGGTGATGTTTATGCTTGGTCTACATTGTCTGAACCATGGAGTTACGGGAGCAAGGGTGGTGGAAAATCTACTAAAAAACAATACGGAGGGAATGGTGGGGGGCGTGTTAAGCTTCTAGTGAAGGACACTTTATATGTAAACGGATCTATTACTGCTAAAGGAGGAGATGGAGGGTCTGATGGGGGAGGTGGCTCTGGTGGAAGTATATTGGTTCATGCTGTAAAGCTGAAGGGCTATGGTATCATCAGTGCCGCTGGTGGGACGGGATGGGGTGGAGGAGGTGGAGGAAGAATATCACTTGATTGTTACAGCATACAAGAAGATTTAAACATTACTGTTCATGGAGGTTTGAGTATTGGCTGTCCTGGGAATTCTGGAGCAGCTGGCACATATTTCAATGCACATTTACTAAGTTTAAAAGTTAGCAATGACAATGTCACAACAGAAACTGAGACTCCTTTGCTTGATTTCTCAACCAGCCCTTTATGGTCAAATGTTTACGTGGAAAATAATGCGAAAGTTTTGGTTCCACTTGTGTGGTCCAGAGTTCAGGTAAGAGGCCAAATTAGTGTATACAGTGGAGGAAGCTTAATCTTTGGGTTGTCTGATTATCCAATTTCTGAGTTTGAGCTTGTTGCAGAAGAGCTTTTACTGAGTGATTCTATTATAAAGGTTTTTGGTGCATTTAGAGTTTCTGTTAAAATGTTACTCATGTGGGACTCCTCAATTCAAATTGATGGTGGTGAAAGTACTGTTGTGACTGCTTCTGTACTTGAAGTGAGAAATCTTGCTGTTTTAAGGCAAAATTCTGTCATTAGTTCAAATACAAACTTGGCTTTATATGGTCAAGGACTACTGCAATTGACTGGTGATGGTGATGCAATCAAAGGCCAGCGGCTATCCTTGTCTCTCTTCTATAATGTAACTGTTGGTCCAGGTTCTTTACTTCAAGCTCCTTTAGATGATGATGCTAGCAGAGGCTCGGTGACAAAACATCTTTGCGACACACAGAGATGTCCAATAGATTTGATAACTCCACCTGATGATTGTCATGTCAACTATACACTCTCCTTCTCACTTCAAATTTGTCGTGTTGAGGATCTTCTTGTAAATGGCATTATGAAGGGAAGCATAATTCACATTCACAGGGCAAGAACCGTGATTGTTGATACTGATGGTATGATTACTGCATCTGAATTAGGTTGCACTGAAGGTATTGGTAAGGGAAACTTTTTGAATGGAGCTGGTGGTGGAGCTGGACATGGTGGAAAAGGAGGGTCTGGATATTTCAACGGGAGAGAGAGTATTGGTGGTAGTGAATATGGAAATGCTATTCTTCCATGTGAATTGGGCAGTGGAACCGAGGGCCCTAATGAGTCATATGGGCATGTTGTTGGAGGCGGGATGATTGTGATGGGATCTATTCAGTGGCCACTTTTGAGACTAGACCTTTATGGATCCTTGAGGGCTGATGGTGAAAGCTTTAGCAAATCAATAAAAAGCAGTGATGGTTCTTCGGTTGGGGGTCTTGGTGGAGGTTCTGGTGGAACAGTCCTTCTTTTCCTTCAAGAACTTCGGCTCTTGGAGAATCCATACTTATCTGTTGTAGGGGGCAAtggtggccctgttggtggtggtggtggaggtggaggtCGAATTCATTTCCATTGGTCAAAGATTGGTATGGAGGAAGAATATGTTCCTGTTGCAAGTATTACTGGCTCCATGAATAACAGCGGAGGTGCTGGGGACAATGATGGCCGTCATGGACAGGAGGGAACTATAACTGGGAAAGCATGCCCTAAAGGTCTTTATGGAATTTTCTGCGAGGAATGTCCTATTGGTACTTACAAAGATGTTGATGGTTCTGATGAACATCTTTGCATTCCTTGTCCTCTTGATCTTCTTCCAAATCGTGCAAATTTCATATATAAACGAGGGGGTGTTACAAGACGGTCTTGTCCATATAAATGTATATCAGACAAATATCGAATGCCTAATTGCTATACACCTCTAGAGGAGCTCATTTATACATTTGGGGGTCCCTGGCCATTTTCAGTATTGTTGTCATTCATTTTATTGCTTCTGGCTCTGCTGCTAAGTACTTTGAGAAACAAGTTGATTGGTTCTGGTTCATATCATAGTTCAAGTTCAATTGAACACCATAATCATCACCGTTTCCCGTATCTTCTTTCTCTTTCTGAGGTCCGTGGAGCTAGAGCTGAAGAGACTCAAAGCCATGTACACAGAATGTACTTTATGGGACCTAATACTTTTAGAGAACCCTGGCATCTTCCTTACTCACCCCCCCATGCTATAATTGAGATTGTGTATGAGGATGCTTTTAATAGGTTTATTGATGAAATCAACTCGGTTGCTGCATATGATTGGTGGGAGGGATCAGTGCACAGTATACTTTCTGTTGTTGCATATCCTTGTGCTTGGTCCTGGAAGCATTGGCGACGGAGAGTCAAAATTAGTCGCCTTCAGGAATATGTCAAGTCTGAATATGACCATTGTTGTCTACGCTCCTGTCGATCACGGGCTTTGTACAAAGGGATGAAGGTTGGGGCAACTCCAGATTTAATGGTAGCATACATTGATTTTTTTCTTGGTGGTGATGAGAAGCGATTAGACATTGTATCAATTATACAGAAGAGATTTCCCATGTGCATAATTTTTGGTGGGGATGGGAGCTACATGGCACCTTATAATCTTCACAATGATACACTGTTGACCAACCTCCTTGGTCAGCATGTCCCAGCAACTGTTTGGAATCGCTTGGTAGCTGGACTCAATGCTCAGTTACGGACAGTAAGGCATGGATCAATTCGTACTGCACTAGGTCCTGTTGTCGATTGGATAAATAGCCATGCAAACCCCCAACTTGAGTTTCATGGAGTTAAAATTGAGCTTGGATGGTTCCAAGCAACAGCTTCTGGTTACTATCAGCTTGGTATCGTGGTAGCAGTTGGGGATTATACCCTTCTTGATTTGCACCAGTCTGATACTTGGGTTGGCACAGATGAATTAATGAGGAAAAATGTGGCACATGGAAGAAAGAATGTTAAGCAGCTGCAGCATAGTTGGCCATACATAAGCAATTCATTATCTCTTAAAAGGATAACTGGAGGAATTAATGGTGGCCTAATAAATGATGCTACCTTAAAATCATTGGACTTTCGAAGGGACTTTTTATTCCCACTTTCTCTACTATTGTGCAATACTAGACCTGTTGGTCGTCAGGACACTGTACAGTTGCTGATTACTTTGATGCTTTTAGCAGATCTTTCTGTCACTCTCCTCATGTTGCTTCAGTTCTACTGGATTGCTCTTGCAGCTtttctttctgttctactcattcttcctctctctctactttctCCATTTCCTGCTGGCCTGAATGCATTATTCAGTAAAGAACCTAGAAGAGCTTCACTTTCTCGAGTATATTCACTGTGGAATGCTACTTCTTTATCTAATATTGGAGTGGCTTTTATTTGTTGTCTCCTTCATTATGCACTATCCCACTTTCACCACCCTGATGAGACAAGCACACGTAATGTTAAGAGGGAAGATGATAAGTGCTGGCTTTTGCCCATCATCCTTTTTCTATTCAAGTCAATACAGGCCCGTTTTGTGAATTGGCACATAGCGAATCTAGAAATTGAAGATTTTTCTCTATTTTGTCCGGATCCAGATGCTTTTTGGGCTCATGAACCTGGTTTATGACAAAACAAACATTGTGAACCTGGTTTGTGACAGAAAAGAAACAGAAGCATTAGAATGTGAACCTGGATGTTAAGTTTTTGGTAAATCCAACAGTTCAAAAGGATGCTTCATTTCGGCGTGGAACAGCAGCCTTGCCTGTGAATATATATTCAGAGATGTACAGGAGAATGAAGTACAGTTCTGCACTTTTTCGCTTCTTTGTAAAAAAATCTCTAGAGGTTCAAGGGATAATAGTTACACGAAATACACCTCTTTCTAGTATTGTCTTTTAATTTAGATTTTTTTGGGGACTCTCATGATTCATACCACTGAAGCTTCACCACTTCCTCCTTTGTCTTTGTATTTCATCGTAAATTAAAGCAAATTTTGCAGACATGAGTTTTACATATATTAAATGACATCATTATAGAATTTTATACTAAAA

>Glyma.01g203000.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g203000 ID=Glyma.01g203000.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AACTCTCTCACCTCTTCCACGATTTTCGTCTTTTCATTTCTGATTCTTCCAGCTGTGCTTTTTCATCATTTTAATTTTTGCATCGGTCTTGATTAGTGATTAATAGAATAAATGTATAAAAGTGGCTTCCTTGAGGACCAATCCCTATGGAGGTGGTGATGCAGTTTGTGGTAATGCATTGGAACCTCTGGTGCTGCATTCTTTTGGGATATCTTCAGATATCTTGTATTTCTCTTAGTTCAGGACATCACTTGAATAGGAGTACTGGCTTAGAAAATTGGTTGGGTTATTCTGGGTCACTTGTGGGAGATGATTCTCTACTCTATGATTCTGCATTTGTCGAAACATCAACTTCGTCATTCCCATTGAATGAGTCAGTCTCTTGTGAGGACTTGGAAGGTGTAGGATCTTTTAATACCACGTGCTTGCTAAGCTCAACTCATTATTTAAAATCTGATATTTACATTTATGGTGTTGGAAACCTGGAGATACTCTCTGATGTGTCACTTTTATGTCCCATGGAAGGGTGTATGATAACAGTCAATGTATCCGGCAACGTTAAACTTGGTCAAGATGCATCCATTGTTTCTGGCTCTGTGGTTTTATCTGCAGCCAATCTGACAATGGGATACAATTCTTATATAGACTCATCATCTTTAGGAGGGTCTCCACCTTCCCAAACTAGTGGCACACCTGTTGGCAACGATGGAGCTGGTGGAGGGCATGGTGGGCGTGGTGCATCTTGTTTAAAAAATAACAAGACAAACTGGGGTGGTGATGTTTATGCTTGGTCTACATTGTCTGAACCATGGAGTTACGGGAGCAAGGGTGGTGGAAAATCTACTAAAAAACAATACGGAGGGAATGGTGGGGGGCGTGTTAAGCTTCTAGTGAAGGACACTTTATATGTAAACGGATCTATTACTGCTAAAGGAGGAGATGGAGGGTCTGATGGGGGAGGTGGCTCTGGTGGAAGTATATTGGTTCATGCTGTAAAGCTGAAGGGCTATGGTATCATCAGTGCCGCTGGTGGGACGGGATGGGGTGGAGGAGGTGGAGGAAGAATATCACTTGATTGTTACAGCATACAAGAAGATTTAAACATTACTGTTCATGGAGGTTTGAGTATTGGCTGTCCTGGGAATTCTGGAGCAGCTGGCACATATTTCAATGCACATTTACTAAGTTTAAAAGTTAGCAATGACAATGTCACAACAGAAACTGAGACTCCTTTGCTTGATTTCTCAACCAGCCCTTTATGGTCAAATGTTTACGTGGAAAATAATGCGAAAGTTTTGGTTCCACTTGTGTGGTCCAGAGTTCAGGTAAGAGGCCAAATTAGTGTATACAGTGGAGGAAGCTTAATCTTTGGGTTGTCTGATTATCCAATTTCTGAGTTTGAGCTTGTTGCAGAAGAGCTTTTACTGAGTGATTCTATTATAAAGGTTTTTGGTGCATTTAGAGTTTCTGTTAAAATGTTACTCATGTGGGACTCCTCAATTCAAATTGATGGTGGTGAAAGTACTGTTGTGACTGCTTCTGTACTTGAAGTGAGAAATCTTGCTGTTTTAAGGCAAAATTCTGTCATTAGTTCAAATACAAACTTGGCTTTATATGGTCAAGGACTACTGCAATTGACTGGTGATGGTGATGCAATCAAAGGCCAGCGGCTATCCTTGTCTCTCTTCTATAATGTAACTGTTGGTCCAGGTTCTTTACTTCAAGCTCCTTTAGATGATGATGCTAGCAGAGGCTCGGTGACAAAACATCTTTGCGACACACAGAGATGTCCAATAGATTTGATAACTCCACCTGATGATTGTCATGTCAACTATACACTCTCCTTCTCACTTCAAATTTGTCGTGTTGAGGATCTTCTTGTAAATGGCATTATGAAGGGAAGCATAATTCACATTCACAGGGCAAGAACCGTGATTGTTGATACTGATGGTATGATTACTGCATCTGAATTAGGTTGCACTGAAGGTATTGGTAAGGGAAACTTTTTGAATGGAGCTGGTGGTGGAGCTGGACATGGTGGAAAAGGAGGGTCTGGATATTTCAACGGGAGAGAGAGTATTGGTGGTAGTGAATATGGAAATGCTATTCTTCCATGTGAATTGGGCAGTGGAACCGAGGGCCCTAATGAGTCATATGGGCATGTTGTTGGAGGCGGGATGATTGTGATGGGATCTATTCAGTGGCCACTTTTGAGACTAGACCTTTATGGATCCTTGAGGGCTGATGGTGAAAGCTTTAGCAAATCAATAAAAAGCAGTGATGGTTCTTCGGTTGGGGGTCTTGGTGGAGGTTCTGGTGGAACAGTCCTTCTTTTCCTTCAAGAACTTCGGCTCTTGGAGAATCCATACTTATCTGTTGTAGGGGGCAAtggtggccctgttggtggtggtggtggaggtggaggtCGAATTCATTTCCATTGGTCAAAGATTGGTATGGAGGAAGAATATGTTCCTGTTGCAAGTATTACTGGCTCCATGAATAACAGCGGAGGTGCTGGGGACAATGATGGCCGTCATGGACAGGAGGGAACTATAACTGGGAAAGCATGCCCTAAAGGTCTTTATGGAATTTTCTGCGAGGAATGTCCTATTGGTACTTACAAAGATGTTGATGGTTCTGATGAACATCTTTGCATTCCTTGTCCTCTTGATCTTCTTCCAAATCGTGCAAATTTCATATATAAACGAGGGGGTGTTACAAGACGGTCTTGTCCATATAAATGTATATCAGACAAATATCGAATGCCTAATTGCTATACACCTCTAGAGGAGCTCATTTATACATTTGGGGGTCCCTGGCCATTTTCAGTATTGTTGTCATTCATTTTATTGCTTCTGGCTCTGCTGCTAAGTACTTTGAGAAACAAGTTGATTGGTTCTGGTTCATATCATAGTTCAAGTTCAATTGAACACCATAATCATCACCGTTTCCCGTATCTTCTTTCTCTTTCTGAGGTCCGTGGAGCTAGAGCTGAAGAGACTCAAAGCCATGTACACAGAATGTACTTTATGGGACCTAATACTTTTAGAGAACCCTGGCATCTTCCTTACTCACCCCCCCATGCTATAATTGAGATTGTGTATGAGGATGCTTTTAATAGGTTTATTGATGAAATCAACTCGGTTGCTGCATATGATTGGTGGGAGGGATCAGTGCACAGTATACTTTCTGTTGTTGCATATCCTTGTGCTTGGTCCTGGAAGCATTGGCGACGGAGAGTCAAAATTAGTCGCCTTCAGGAATATGTCAAGTCTGAATATGACCATTGTTGTCTACGCTCCTGTCGATCACGGGCTTTGTACAAAGGGATGAAGGTTGGGGCAACTCCAGATTTAATGGTAGCATACATTGATTTTTTTCTTGGTGGTGATGAGAAGCGATTAGACATTGTATCAATTATACAGAAGAGATTTCCCATGTGCATAATTTTTGGTGGGGATGGGAGCTACATGGCACCTTATAATCTTCACAATGATACACTGTTGACCAACCTCCTTGGTCAGCATGTCCCAGCAACTGTTTGGAATCGCTTGGTAGCTGGACTCAATGCTCAGTTACGGACAGTAAGGCATGGATCAATTCGTACTGCACTAGGTCCTGTTGTCGATTGGATAAATAGCCATGCAAACCCCCAACTTGAGTTTCATGGAGTTAAAATTGAGCTTGGATGGTTCCAAGCAACAGCTTCTGGTTACTATCAGCTTGGTATCGTGGTAGCAGTTGGGGATTATACCCTTCTTGATTTGCACCAGTCTGATACTTGGGTTGGCACAGATGAATTAATGAGGAAAAATGTGGCACATGGAAGAAAGAATGTTAAGCAGCTGCAGCATAGTTGGCCATACATAAGCAATTCATTATCTCTTAAAAGGATAACTGGAGGAATTAATGGTGGCCTAATAAATGATGCTACCTTAAAATCATTGGACTTTCGAAGGGACTTTTTATTCCCACTTTCTCTACTATTGTGCAATACTAGACCTGTTGGTCGTCAGGACACTGTACAGTTGCTGATTACTTTGATGCTTTTAGCAGATCTTTCTGTCACTCTCCTCATGTTGCTTCAGTTCTACTGGATTGCTCTTGCAGCTtttctttctgttctactcattcttcctctctctctactttctCCATTTCCTGCTGGCCTGAATGCATTATTCAGTAAAGAACCTAGAAGAGCTTCACTTTCTCGAGTATATTCACTGTGGAATGCTACTTCTTTATCTAATATTGGAGTGGCTTTTATTTGTTGTCTCCTTCATTATGCACTATCCCACTTTCACCACCCTGATGAGACAAGCACACGTAATGTTAAGAGGGAAGATGATAAGTGCTGGCTTTTGCCCATCATCCTTTTTCTATTCAAGTCAATACAGGCCCGTTTTGTGAATTGGCACATAGCGAATCTAGAAATTGAAGATTTTTCTCTATTTTGTCCGGATCCAGATGCTTTTTGGGCTCATGAACCTGGTTTATGACAAAACAAACATTGTGAACCTGGTTTGTGACAGAAAAGAAACAGAAGCATTAGAATGTGAACCTGGATGTTAAGTTTTTGGTAAATCCAACAGTTCAAAAGGATGCTTCATTTCGGCGTGGAACAGCAGCCTTGCCTGTGAATATATATTCAGAGATGTACAGGAGAATGAAGTACAGTTCTGCACTTTTTCGCTTCTTTGTAAAAAAATCTCTAGAGGTTCAAGGGATAATAGTTACACGAAATACACCTCTTTCTAGTATTGTCTTTTAATTTAGATTTTTTTGGGGACTCTCATGATTCATACCACTGAAGCTTCACCACTTCCTCCTTTGTCTTTGTATTTCATCGTAAATTAAAGCAAATTTTGCAGACATGAGTTTTACATATATTAAATGACATCATTATAGAATTTTATACTAAAA

Coding sequences of Glyma.01g203000

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.01g203000.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.01g203000.1.p locus=Glyma.01g203000 ID=Glyma.01g203000.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g203000.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.01g203000.2.p locus=Glyma.01g203000 ID=Glyma.01g203000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.01g203000

Limit To All Plant Sequences

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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain