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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.01g054500): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.01g054500

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm01
Start:7017265
stop:7022863
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.01g054500
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G69370.1AT chorismate mutase 3 JGI N/AIEA
AT3G29200.1AT chorismate mutase 1 JGI N/AIEA
GO:0008652GO-bp cellular amino acid biosynthetic process EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0009073GO-bp aromatic amino acid family biosynthetic process EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0046417GO-bp chorismate metabolic process EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0046417GO-bp chorismate metabolic process JGI N/AIEA
GO:0005737GO-cc cytoplasm EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0004106GO-mf chorismate mutase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016853GO-mf isomerase activity EnsemblGenomesN/AIEA
KOG0795 KOG Chorismate mutase JGI N/AIEA
PTHR21145Panther CHORISMATE MUTASE JGI N/AIEA
PF01817PFAM Chorismate mutase type II JGI N/AIEA
PWY-3461SoyCyc9 L-tyrosine biosynthesis II Plant Metabolic Network ISS
PWY-3462SoyCyc9 L-phenylalanine biosynthesis II Plant Metabolic Network ISS
PWY-3481SoyCyc9 superpathway of L-phenylalanine and L-tyrosine biosynthesis Plant Metabolic Network ISS
PWY-6120SoyCyc9 L-tyrosine biosynthesis III Plant Metabolic Network ISS
GN7V-46501SoyCyc9-rxn chorismate mutase Plant Metabolic Network ISS

Expression Patterns of Glyma.01g054500
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.01g054500 not represented in the dataset
Glyma.01g054500 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.01g054500
ParalogEvidenceComments
Glyma.02g113100 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.01g054500 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma01g06660 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.01g054500
>Glyma.01g054500.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g054500 ID=Glyma.01g054500.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGCCATTGATAAATGTTGTGATAATGCCCAGTGAGCTAATTGTCTAACCTATGTCCTCTTTTGTTGCTGAACAAGGCTTTTTCGCTTCATGAATTTTATGGCTTTCGAAAGACATCTCTTGTAGGTTCAGATGTTATGGCCTTCATTATGCATTCGGGTATGGTGGAATGGATGTCACCAATCTCAGTTCACTCATTTGAATTTGAAATCTGGACATACTGGTAAAAAGAGGGTGGATGAGAGTAAGACCTTGACTTTAGACGGCATCAGGAACTCTTTGATTAGGCAGGAGGATAGCATAATAGTCAGTCTTTTGGAGAGAGCTAAGTATTCTTACAATGCAGATGCATATGACAAAGATGCATTCTTCATGGATGGCTTTAATGGGTCTTTGGTTGAGTACATGGTCTTGCAAACTGAAAAGCTTCATTCACAGGTGGGAAGATACAAGAGCCCGGATGAGCATGCTTTCTTCCCTGAATGCTTACCTGAGCCAGCGCTTCCACCTTTGCAGTACCCGCAGGTTCTGCATCACTGTGCTGATTCTATCAATATAAACAATAAGATTTGGAATATGTATTTGAAGGATCTCCTTCCAAGATTGGTAAAAGCGGGAGATGATGATAACTGTGGATCTGTTGCTGTTTGCGACACTCTTTGCTTGCAGGCTCTCTCAAAAAGAATCCACTATGGCAAATTTGTTGCTGAGGCAAAGTTTCAAGATGCCCCTTCTGAATATGTAGCTGCCATTGAAGCGAAAGACAGGAAACTTTTGCTGGATTTGTTGACATATGAAACAGTGGAGGAATTAGTCAAGAAGAGGGTAGAAATTAAGGCAAGACAATATGGCCAGGTGGTGAAGATCGGTGAAACAGGTGATATAGCCACTCCTGTGTATAAAATCAAGCCAAGTTTGATTGCAAATCTTTATGGAGATTGGGTAATGCCTCTCACAAAAGAAGTGCAGGTAGAGTACTTGTTGAGAAGACTTGACTAAACAAAGAAAAGATGACCCAAACAGAATATGCATGGTAGGGTATTTGTAGTTATCAGTAAGGGATGGCCTGGGACACTTAGACTACTTTGTAAAGCTTAACACTGGACAACAATGGTGCTTTTCTGGTTAGAGATGGGTGAGTATTTATGAAGCTAGTTTAATGCTTAAGTCAAACAGCAAGACAAAATAAGGATAACTGTCTTTGTATACAAATAAGCGCACTTAAAAACATCTCTTAATGTATGGATGGTATGCTTATCTAAGTGTTTAGGCTCAACAAGGACATATTGTCCACAGCCTCCCAATTATGCAGTTGATATTATCAATTCAATGTGGGATGAGACAAGTGATTAAGAATTCCGTACAAACTCCCCCTTTTTTTATGTGTGGATTTGAATCCTTAAAGCTTTTATGCCACTTTCTTGCTTGGTGGACAACTCTCTCCAAGCAGATCTCCTAGTGCCTAGTGCCTAATTGA

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AAATCTAAGCTGTCCCACCCATGTTGGCAAGACATATTTCAGCGCCGCTTGTCTCGTTTTACGTTGTTGTGTCAGTCATTATCGCTGTCGTTATCACTTTCACTTTTGCAATAAACAATGGAAGCAGTGTTGCGGTTTCCCCATGGTAGTAGCATACCCGTATCTTATTTTCCTTCCAAATCCGCCATTTTTCTCAACAAAAGCTCTCTTTCCATTAAATTGTGTCGAGTCATTGCTTCAACTGCTTCCTCTTCTCCCCCTCCTTCCTTTCCAATAAGATGCATATGACAAAGATGCATTCTTCATGGATGGCTTTAATGGGTCTTTGGTTGAGTACATGGTCTTGCAAACTGAAAAGCTTCATTCACAGGTGGGAAGATACAAGAGCCCGGATGAGCATGCTTTCTTCCCTGAATGCTTACCTGAGCCAGCGCTTCCACCTTTGCAGTACCCGCAGGTTCTGCATCACTGTGCTGATTCTATCAATATAAACAATAAGATTTGGAATATGTATTTGAAGGATCTCCTTCCAAGATTGGTAAAAGCGGGAGATGATGATAACTGTGGATCTGTTGCTGTTTGCGACACTCTTTGCTTGCAGGCTCTCTCAAAAAGAATCCACTATGGCAAATTTGTTGCTGAGGCAAAGTTTCAAGATGCCCCTTCTGAATATGTAGCTGCCATTGAAGCGAAAGACAGGAAACTTTTGCTGGATTTGTTGACATATGAAACAGTGGAGGAATTAGTCAAGAAGAGGGTAGAAATTAAGGCAAGACAATATGGCCAGGTGGTGAAGATCGGTGAAACAGGTGATATAGCCACTCCTGTGTATAAAATCAAGCCAAGTTTGATTGCAAATCTTTATGGAGATTGGGTAATGCCTCTCACAAAAGAAGTGCAGGTAGAGTACTTGTTGAGAAGACTTGACTAAACAAAGAAAAGATGACCCAAACAGAATATGCATGGTAGGGTATTTGTAGTTATCAGTAAGGGATGGCCTGGGACACTTAGACTACTTTGTAAAGCTTAACACTGGACAACAATGGTGCTTTTCTGGTTAGAGATGGGTGAGTATTTATGAAGCTAGTTTAATGCTTAAGTCAAACAGCAAGACAAAATAAGGATAACTGTCTTTGTATACAAATAAGCGCACTTAAAAACATCTCTTAATGTATGGATGGTATGCTTATCTAAGTGTTTAGGCTCAACAAGGACATATTGTCCACAGCCTCCCAATTATGCAGTTGATATTATCAATTCAATGTGGGATGAGACAAGTGATTAAGAATTCCGTACAAACTCCCCCTTTTTTTATGTGTGGATTTGAATCCTTAAAGCTTTTATGCCACTTTCTTGCTTGGTGGACAACTCTCTCCAAGCAGATCTCCTAGTGCCTAGTGCCTAATTGA

>Glyma.01g054500.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g054500 ID=Glyma.01g054500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
GTCGTTATCACTTTCACTTTTGCAATAAACAATGGAAGCAGTGTTGCGGTTTCCCCATGGTAGTAGCATACCCGTATCTTATTTTCCTTCCAAATCCGCCATTTTTCTCAACAAAAGCTCTCTTTCCATTAAATTGTGTCGAGTCATTGCTTCAACTGCTTCCTCTTCTCCCCCTCCTTCCTTTCCAATAAGGTGCTTTTTTTTCACCCACGCTTCCTTTTTTCGATGATTTCTATTATGTTTCTGTAAAGTCAATACATGATTATTATGTGTCATGCCATTGATAAATGTTGTGATAATGCCCAGTGAGCTAATTGTCTAACCTATGTCCTCTTTTGTTGCTGAACAAGGCTTTTTCGCTTCATGAATTTTATGGCTTTCGAAAGACATCTCTTGTAGGTTCAGATGTTATGGCCTTCATTATGCATTCGGGTATGGTGGAATGGATGTCACCAATCTCAGTTCACTCATTTGAATTTGAAATCTGGGTATCCAAAAATCTTGTCATTTCTAATCCGCCCGTGTTTTCAGATGAAGATGCACAAAACAGTTCATCTAAATAATGGATTATGTTACATTCTATACTATGTTAAAGAATCCAAATAATGGAACTTAGTGAGTATTGGGTTACCTTCAGTTCACTCAATTCATAATTGATTAATGAAAATACAGCCATAAAACTTGTGCTTTCAAGAACAAATAAGCATACATAAGGTCCTTCTCTTTCTGTGTTTATAATGCATGCATacacaaagtataatgtatatctgcatgtgtatatgtatacacacacacacacacTTGTAATCTCCTATCCACAGAGCAGCTAGAGACTTTTGACCAGAAGAATGCAAACATATAAATGTTCAACATTTCGATGCTCTCTCAATGCTTTAAGCTTTTGGTTTAATGATGATTTATTAATTAATATTATTTCTGAATGTCTTTATCTTTAAATTGTTAAGGTCCCTCTGTGGGATCAAGTGAGAGTTTCTTTTACAAAAGGATATAAACCTCTTTCATTATGAAAATTGGGATTGGAATCTAGAATTTCAGCATTGAGAAATGGAAATTACAGCAGTTAGGTAGAAACTACAACAACTGAAGTCTCTGAATTCTTTCCAACCTCCCAAAATTTATCCTTCCAATTTATATTGCCATTTGCTACAAATGAATTCCCTCCATCTCCCTCTAGACTATCAGCACGAATATTCCCTTTATTTCTCCTTATGTTCTCCTTACCCCAATGTGTTAATCCTCCCTTTCTTTTGAGTTTATCAAAATAATGATAATTTAAGTCCTCGATTCACTTAAACCTTAGAAATGGATAGTATTTTGCTATCATGTAGATCAACTTTGAACAGTTTCTTTTTGTATAGACATACTGGTAAAAAGAGGGTGGATGAGAGTAAGACCTTGACTTTAGACGGCATCAGGAACTCTTTGATTAGGCAGGAGGATAGCATAATAGTCAGTCTTTTGGAGAGAGCTAAGTATTCTTACAATGCAGATGCATATGACAAAGATGCATTCTTCATGGATGGCTTTAATGGGTCTTTGGTTGAGTACATGGTCTTGCAAACTGAAAAGCTTCATTCACAGGTGGGAAGATACAAGAGCCCGGATGAGCATGCTTTCTTCCCTGAATGCTTACCTGAGCCAGCGCTTCCACCTTTGCAGTACCCGCAGGTTCTGCATCACTGTGCTGATTCTATCAATATAAACAATAAGATTTGGAATATGTATTTGAAGGATCTCCTTCCAAGATTGGTAAAAGCGGGAGATGATGATAACTGTGGATCTGTTGCTGTTTGCGACACTCTTTGCTTGCAGGCTCTCTCAAAAAGAATCCACTATGGCAAATTTGTTGCTGAGGCAAAGTTTCAAGATGCCCCTTCTGAATATGTAGCTGCCATTGAAGCGAAAGACAGGAAACTTTTGCTGGATTTGTTGACATATGAAACAGTGGAGGAATTAGTCAAGAAGAGGGTAGAAATTAAGGCAAGACAATATGGCCAGGTGGTGAAGATCGGTGAAACAGGTGATATAGCCACTCCTGTGTATAAAATCAAGCCAAGTTTGATTGCAAATCTTTATGGAGATTGGGTAATGCCTCTCACAAAAGAAGTGCAGGTAGAGTACTTGTTGAGAAGACTTGACTAAACAAAGAAAAGATGACCCAAACAGAATATGCATGGTAGGGTATTTGTAGTTATCAGTAAGGGATGGCCTGGGACACTTAGACTACTTTGTAAAGCTTAACACTGGACAACAATGGTGCTTTTCTGGTTAGAGATGGGTGAGTATTTATGAAGCTAGTTTAATGCTTAAGTCAAACAGCAAGACAAAATAAGGATAACTGTCTTTGTATACAAATAAGCGCACTTAAAAACATCTCTTAATGTATGGATGGTATGCTTATCTAAGTGTTTAGGCTCAACAAGGACATATTGTCCACAGCCTCCCAATTATGCAGTTGATATTATCAATTCAATGTGGGATGAGACAAGTGATTAAGAATTCCGTACAAACTCCCCCTTTTTTTATGTGTGGATTTGAATCCTTAAAGCTTTTATGCCACTTTCTTGCTTGGTGGACAACTCTCTCCAAGCAGATCTCCTAGTGCCTAGTGCCTAATTGA

>Glyma.01g054500.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g054500 ID=Glyma.01g054500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
GTCGTTATCACTTTCACTTTTGCAATAAACAATGGAAGCAGTGTTGCGGTTTCCCCATGGTAGTAGCATACCCGTATCTTATTTTCCTTCCAAATCCGCCATTTTTCTCAACAAAAGCTCTCTTTCCATTAAATTGTGTCGAGTCATTGCTTCAACTGCTTCCTCTTCTCCCCCTCCTTCCTTTCCAATAAGGCTTTTTCGCTTCATGAATTTTATGGCTTTCGAAAGACATCTCTTGTAGGTTCAGATGTTATGGCCTTCATTATGCATTCGGGTATGGTGGAATGGATGTCACCAATCTCAGTTCACTCATTTGAATTTGAAATCTGGGTATCCAAAAATCTTGTCATTTCTAATCCGCCCGTGTTTTCAGATGAAGATGCACAAAACAGTTCATCTAAATAATGGATTATGTTACATTCTATACTATGTTAAAGAATCCAAATAATGGAACTTAGTGAGTATTGGGTTACCTTCAGTTCACTCAATTCATAATTGATTAATGAAAATACAGCCATAAAACTTGTGCTTTCAAGAACAAATAAGCATACATAAGGTCCTTCTCTTTCTGTGTTTATAATGCATGCATacacaaagtataatgtatatctgcatgtgtatatgtatacacacacacacacacTTGTAATCTCCTATCCACAGAGCAGCTAGAGACTTTTGACCAGAAGAATGCAAACATATAAATGTTCAACATTTCGATGCTCTCTCAATGCTTTAAGCTTTTGGTTTAATGATGATTTATTAATTAATATTATTTCTGAATGTCTTTATCTTTAAATTGTTAAGGTCCCTCTGTGGGATCAAGTGAGAGTTTCTTTTACAAAAGGATATAAACCTCTTTCATTATGAAAATTGGGATTGGAATCTAGAATTTCAGCATTGAGAAATGGAAATTACAGCAGTTAGGTAGAAACTACAACAACTGAAGTCTCTGAATTCTTTCCAACCTCCCAAAATTTATCCTTCCAATTTATATTGCCATTTGCTACAAATGAATTCCCTCCATCTCCCTCTAGACTATCAGCACGAATATTCCCTTTATTTCTCCTTATGTTCTCCTTACCCCAATGTGTTAATCCTCCCTTTCTTTTGAGTTTATCAAAATAATGATAATTTAAGTCCTCGATTCACTTAAACCTTAGAAATGGATAGTATTTTGCTATCATGTAGATCAACTTTGAACAGTTTCTTTTTGTATAGACATACTGGTAAAAAGAGGGTGGATGAGAGTAAGACCTTGACTTTAGACGGCATCAGGAACTCTTTGATTAGGCAGGAGGATAGCATAATAGTCAGTCTTTTGGAGAGAGCTAAGTATTCTTACAATGCAGATGCATATGACAAAGATGCATTCTTCATGGATGGCTTTAATGGGTCTTTGGTTGAGTACATGGTCTTGCAAACTGAAAAGCTTCATTCACAGGTGGGAAGATACAAGAGCCCGGATGAGCATGCTTTCTTCCCTGAATGCTTACCTGAGCCAGCGCTTCCACCTTTGCAGTACCCGCAGGTTCTGCATCACTGTGCTGATTCTATCAATATAAACAATAAGATTTGGAATATGTATTTGAAGGATCTCCTTCCAAGATTGGTAAAAGCGGGAGATGATGATAACTGTGGATCTGTTGCTGTTTGCGACACTCTTTGCTTGCAGGCTCTCTCAAAAAGAATCCACTATGGCAAATTTGTTGCTGAGGCAAAGTTTCAAGATGCCCCTTCTGAATATGTAGCTGCCATTGAAGCGAAAGACAGGAAACTTTTGCTGGATTTGTTGACATATGAAACAGTGGAGGAATTAGTCAAGAAGAGGGTAGAAATTAAGGCAAGACAATATGGCCAGGTGGTGAAGATCGGTGAAACAGGTGATATAGCCACTCCTGTGTATAAAATCAAGCCAAGTTTGATTGCAAATCTTTATGGAGATTGGGTAATGCCTCTCACAAAAGAAGTGCAGGTAGAGTACTTGTTGAGAAGACTTGACTAAACAAAGAAAAGATGACCCAAACAGAATATGCATGGTAGGGTATTTGTAGTTATCAGTAAGGGATGGCCTGGGACACTTAGACTACTTTGTAAAGCTTAACACTGGACAACAATGGTGCTTTTCTGGTTAGAGATGGGTGAGTATTTATGAAGCTAGTTTAATGCTTAAGTCAAACAGCAAGACAAAATAAGGATAACTGTCTTTGTATACAAATAAGCGCACTTAAAAACATCTCTTAATGTATGGATGGTATGCTTATCTAAGTGTTTAGGCTCAACAAGGACATATTGTCCACAGCCTCCCAATTATGCAGTTGATATTATCAATTCAATGTGGGATGAGACAAGTGATTAAGAATTCCGTACAAACTCCCCCTTTTTTTATGTGTGGATTTGAATCCTTAAAGCTTTTATGCCACTTTCTTGCTTGGTGGACAACTCTCTCCAAGCAGATCTCCTAGTGCCTAGTGCCTAATTGA

>Glyma.01g054500.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g054500 ID=Glyma.01g054500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g054500.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g054500 ID=Glyma.01g054500.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g054500.9 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g054500 ID=Glyma.01g054500.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.01g054500
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Predicted protein sequences of Glyma.01g054500
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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