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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research




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Report for Sequence Feature Glyma.01G245200

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm01
Start:56754613
stop:56769456
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G76630.1AT Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein JGI N/AIEA
AT1G76630.2AT Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein JGI N/AIEA
GO:0006401GO-bp RNA catabolic process EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0055087GO-cc Ski complex EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding JGI N/AIEA
KOG1127 KOG TPR repeat-containing protein JGI N/AIEA
PTHR23083Panther TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN, TPR JGI N/AIEA
PTHR23083:SF174Panther JGI N/AIEA
PF00515PFAM Tetratricopeptide repeat JGI N/AIEA

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.01G245200 not represented in the dataset

Glyma.01G245200 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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View a gene family containing related genes from other legumes at LIS

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.


View gene and ortholog information at GlycineMine

Gene information in GlycineMine developed by LIS.



View a gene family containing related genes from other plant species at PhyloGenes

Gene families from PhyloGenes.


Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.01g245200 Wm82.a4.v1ISS As supplied by JGI
Glyma01g45670 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


>Glyma.01g245200.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g245200 ID=Glyma.01g245200.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TTTTATTATCCTCCTTTAATTTATGTTTTCGAAATGCTTTGGTTACTTTTTAAATTTTACAAGTCAAGCCTTCATGTAAACGGTGCTGTTGCTTATTGCAGTCCTGCTTATCGAGCATCAGTGTGCCAACGACCCCATGGACTCACGTACAGACATAGAGGAAGAAGGGGCGGAACATCTCTTCCGACGCTTGCAGGATTCCTCAGATGACGCCTCGATACATTTTGATATTGGCGTGTTCTTGTGGGAAAAAGGAGGAGAAGCGAAGGAAAAAGCTGCTCAACATTTTATTCTATCGGCCAAATTAAACCCTAAGAATGGAGACTGCTTCAAATATCTGGGCCATTATTATGGCGGCGTTTCCCTTGATACTCAGAGAGCTATTAAGTGTTACCAACGAGCTGTTGTTCTCAATCCCGATGATTCCGAGTCTGGGGAAGCGCTGTGCAATTTACTTGACCAAGGCGGAAAGGAGAGTTTGGAGGTGGTGGTATGCCGGGAAGCTTCTGAAATGTCACCGAGGGCTTTCTGGGCTTTCCGAAGATTGGGTTTCCTGCAGGTTCATCAAAAGAAATGGTCTGAAGCTGTTCTGAGTCTTCAACATGCTCTTAGAGGCTATCCTACATGTGCTGATTTGTGGGAAGCTTTGGGCCTTGCTTATCAGCGACTGGGCAGGTTTACTGCAGCTATAAAGTCTTATGGCCGTGCAATTGAGTTGGATGATACAATGGTCTTTGCTTTGGTGGAAAGTGGAAATATCTCTGTGACTCTTGGTTCATTTAGCAAGGGAGTTGAACAATTTCGACAAGCTTTGGAGATTTCACCACGGTGTGTGCCTGCACAATATGGACTTGCTTTGGGGCTGCTTGGTTTGGCAAAAGATTGCATTAACCTAGGAGCATATCAATGGGGGGCTTCACTGTTAGAGGAAGCATCTGAGGTTGCAAGGGCAAGTGCTTATTTTTTAAGAAATATCTCATGTATTTGGAAACTACATGCTGATATTCAGCTTGCATATGCTAGATGCTATCCTTGGATTGAGGATGTCCAAGAATTGGAAGCTAATAAGGAAGCTTTCAGTGCTTCTATCATTTCTTGGAGGAGGACCTGCTTTTTGGCTGCAAAACATGCAAGGTTTTCATATCAACGAGCGTCGCACTTGTCTCCCTGGCAAGCAAACATCTATGCTGATATTGCTGTGATTTCAGATCTTATCACGTCATTGGACAAAAATTACAAGCAAGACATAAATGCATGGCAATTGGCAGAGAAGATGTCTATGGGAGCCTTGCTACTTGAAGGTGATAGTTATGAGTTCTGGCTGGCATTGGGGTGTTTGTCTGATCATAATGCACTAAATCAACATGCTTTGATCAGAGCATTGCAATTGAATGTATCTCTAGCTGTTGCTTGGGGATATCTTGGGAAGCTGTATCGTAAAGTGGATGAAAAGCAATTGGCAAGGCAAATGTTTGATCGTGCTAGAAGTATTGATCCTGGCCTTGCATTGCCATGGGCAAGCATGTCATTTGAGTCTTGTGTGGGGGAGCTTGAATCAGATGAGGCATTTGAGAGCTGTTCACGGGCTGTGCAGATAATGCCTTTAGCTGAATTCCAACTTGGGCTCACTAAGCTTGCTTTGTTGAGTGGACATCTCTCATCTTCTCAGGTTTTTGGAGCTATTCAGCAGGCTGTGCAGCTTTCTCCTCACTATCCTGAATCCCATAATTTACATGGGCTGGTTTGTGAGGCTCGAAATGATTATAAGTCTGCTTCTACTTTTTATAGGTTAGCACGTCATGCAATTAACATTGGCTCACGGAGTATTCACAACTCACATATCAGGGAAATATCAATCAATTTGGCCAGATCCCTTTCTAAGGCAGGGAATGCTGCTGATGCTTTGCAGGAATGTGAACATTTGAAGAAAGAAGGGGCACTTGATGATGAAGGCTTACAAGTATATGGTTTCTCATTGTGGCAACTTGGTGAAAATGATTTGGCTCTCTCTGTAGCTAGAAGTCTCGCTGCAACTCTTTCTTCTATGCAAAAGACATCTGTGGCAACATCTATATGTTTCATTTGTAGATTAGTATACTACATACGTGGACTGGATGCAGCCATCACAAGCATTGTGAAAATGCCAAAGGAACTATTTCAAAGTTCAAAAGTTAGTTTTGTTATGACAGCTATCAATGCTCTTGATAGACAAAATCGTCTTGGATTTGTTGTCTCAAGTAGCCGATATTTTCTCAAGTATCATGAAGAAATTGCTGGGATGCACCTTTTAATAGCACTAAGTAAACTGGTGAAAAATGAGTCTGATTGCTGCCTTGACATTCAGAGTGGAGTTGCTCACCTCAAAAAAGCTCTGCACATGTTCCCTAACTGTAGTTTGATAAGGTGCTTTCATCAGAAACCATGGAATCATGATTCCCGCTACTTGCTTGTTCTTAACTATCTTCAGAGGGCACGTGAGCAAAGATTTCCTCATCATCTTTGTCGCATACTAAATCGTCTAACTCATGCTGCTCTTTCAAATGATTTGTATAGTAGGACAGAAATGTTGTATCGATATAGATACTTCCAACTTCTACTTTGTGCTTCTGAGATCAGTTTACAATGTGGGAATCATATGACTTGTATCACCCATGCCAAAAAGGCTTCTGAACTTGTGCTTCCTGATGATTATTTATTCTTTGCGCATCTACTATTATGCCGTGTGTATGCCATGAAAGGTGATCATCTAAGTTTTCAAAAAGAATATATAAGGTGTTTGGAGCTCAAGACAGATTATCACATTGGTTGGATCTGTCTCAAACTTATGGAATGTCAATATGAACTGCAAATTGATTCAAATACCATAGACTTGAACTTTGAAGAATGTGTTAAAAGAAGTGGAAAGTTGTGCAATATGTGGATGGCTGTATATAACCTGGTGAGAGGTATGATTTCCTTGCAGAAGAGGGATTTAGTCTCAGCAGAAGATTTCATGGCACAGGCTTGTTCATTAGCAGGTTTTGAGAGCTGCCTCTTTCTATGTCATGGTGCCATCTGTATGGAACTTGTTCGGCAGTGCCATGGTTCTCAGTTCCTATCACGGGCCATTAATAGTCTTACCAAAGTTCATGAGCATTCACTTATTCCCTTACCTTTTGTCTCGGTATTGGTAGCTCAAGCAGAAGGAAGCCATGGTTCTAAGGAGAGGTGGAACAGAAACCTTCGGCTTGAATGGTATAATTGGCCACCAGAAATGAGGCCTGCAGAGCTCTACTTTCAAATGCATATGCTTGCACGACAGTTGAAAGTTGGACCAAACGCTAGCATAGAGTCCACTCAGAGTCCTCATAGATGGGTTATTCGAGCAATTCACATGAACCCTTCTTGCATGCGATATTGGAGGATTTTACAGAAGCTTATGGAAGAGACTTGAAATGAAGAAACACATTTAAGGAGCGGGTTGTCACGAGCAATCGTATTTGGTTGTTACATTTCTATTGAACTTGGGATGGGAAATAGATAAACAAGTCGTTTTTTCAAATAAAGTTGTAAGTGGAAATATGGAATGCTGATTTCATAGACAGATCAAAGCAGTTAAATGACACCTTTCGATACTTCGATACTCTAGTGTAACTACTACCAGAAAGAATGAGCACAAGTAAAAAGCGTGTTATATATTTCGGAGGGAAAAAAGGTGCAAATAATCAAAACTGCTTTTAACGGGCACGGAAAGATGTTAATTCCTTCCATCCTCCCTTAAATGTTAATGACTTTTTTTTTCGATAACTACATGTTAATGACTTTCAACTTATATCTTCCC

>Glyma.01g245200.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g245200 ID=Glyma.01g245200.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g245200.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g245200 ID=Glyma.01g245200.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g245200.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g245200 ID=Glyma.01g245200.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g245200.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g245200 ID=Glyma.01g245200.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g245200.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.01g245200.6.p locus=Glyma.01g245200 ID=Glyma.01g245200.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g245200.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.01g245200.1 locus=Glyma.01g245200 ID=Glyma.01g245200.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g245200.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.01g245200.3 locus=Glyma.01g245200 ID=Glyma.01g245200.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g245200.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.01g245200.4 locus=Glyma.01g245200 ID=Glyma.01g245200.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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