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Report for Sequence Feature Glyma.01G140600

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm01
Start:46925091
stop:46955817
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.01G140600
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G71820.1AT SEC6 JGI N/AIEA
GO:0006887GO-bp exocytosis EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0006887GO-bp exocytosis JGI N/AIEA
GO:0051601GO-bp exocyst localization EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0000145GO-cc exocyst EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0000145GO-cc exocyst JGI N/AIEA
GO:0000149GO-mf SNARE binding EnsemblGenomesN/AIEA
KOG2286 KOG Exocyst complex subunit SEC6 JGI N/AIEA
PTHR21292Panther EXOCYST COMPLEX COMPONENT SEC6-RELATED JGI N/AIEA
PTHR21292:SF1Panther EXOCYST COMPLEX COMPONENT 3 JGI N/AIEA
PF06046PFAM Exocyst complex component Sec6 JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.01G140600
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.01G140600 not represented in the dataset
Glyma.01G140600 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.01G140600
ParalogEvidenceComments
Glyma.03g026900 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.01G140600 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.01g140600 Wm82.a4.v1ISS As supplied by JGI
Glyma01g33866 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.01G140600
>Glyma.01g140600.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g140600 ID=Glyma.01g140600.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g140600.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g140600 ID=Glyma.01g140600.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g140600.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g140600 ID=Glyma.01g140600.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g140600.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g140600 ID=Glyma.01g140600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AATCGATCAAAACAATAACGTGGTTCCACTCCATTTCTGATCCATAAACCTTTTTGTCACTCCTACCCCGTCGTCACCGCCAATTTCATATTCCCGTTTCGTTCATCTCCGTGTTACCTCGTTCAAGCGCGCTTTTtctctctctctctctctAGAAATTTTCCTTTCTCAAAGCCGCACCTCGTCAAACACCGCAATCTCGCTTTCTCCGACGCGATCCGTGTTCAATTTTCCCCAAAATCAGGCACGATGATGGCTGAGGATCTCGGCGTGGAGGCGAAGGAGGCCGCGGTTCGCGAGGTCGCCAAGCTGTTGCCGCTTCCGGAGCTTCTCCAATCGATCTCGTCCATCAAGGCTGATTACATTTCGCGCCAACAGGCCAATGATGCACAGCTTAGTACAATGGTTGCCGAACAGGTTGAGCAGTCACAGGCAGGACTAAAATCGCTCTCCTTCTCTGAGAAGACAATAAATCAGCTTCGTGAAAACTTTGTCTCCATTGAGAATTTATGTCAGGAATGCCAAACATTAATTGACAACCATGATCAGATAAAGATACTTAGCAATGCAAGAAATAACTTAAACACAACCTTGAAGGATGTTGAAGGTATGATGTCTATCTCTGATGAGGCAGCCGAGGCTCGGGATTCTTTGAGTGATGACAAAGAAATCGTCAACACTTACGAGAGGTTAACAGCTTTGGATGGAAAACGAAGGTTTGCTTTAGCAGCTGCTGGATCTCACAAGGAAGAGATTGGAAGGCTAAGAGAATATTTTGAAGATGTAGATCGAACTTGGGAGACCTTTGAGAAAACGCTATGGGGCCACATTTCCAATTTTTATAAACTCTCCAAAGAAAGCCCACAGACTTTAGTTCGTGCTGTACGGGTTGTTGAAATGCAAGAGATCCTTGATCAACAGATTGCAGAAGAAGCAGCTGAGGCTGAAGGGGATGGTGCAATGGCATCAGTTGCAAATCCTCGTAACAACGGCATAAAATCTACAAGTTCAATGGCTTCTTCAAAAAATTTAATGCAGCAAAAATTGAAGGTTCAGGGGAAAGGCTATAAGGATAAATGCTATGAGCAAATAAGGAAGACTGTAGAAGGACGGTTTAACAAGCTTCTCAATGAGCTTGTGTTTGAGGACCTGAAAGCAGCTTTAGAGGCAGCACGAGCGATTGGGGAAGAGCTTGGAGATGTCTATGACTATGTAGCTCCCTGCTTTCCTCCAAGATACGAAATATTCCAATTAATGGTAAATCTGTACACTGAGAGATTTATTCAGATGCTAAGATTGCTTAGCGACAGGGCGAATGAATTAACAAACATTGAGATATTAAAGGTAACTGGTTGGGTGGTTGAATACCAAGATAATCTGATTGGGCTTGGAGTTGATGAGTCTCTAGCCCAAGTGTGCTCCGAGAGTGGTGCAATGGATCCTCTTATGAATTCTTATGTTGAGAGAATGCAAGCTACGACTAGGAAATGGTACCTGAATATTTTGGAGGCTGATAGAACACAGCCCCCAAAGAAAACTGAAGATGGGAAGCTATATACCCCAGCTGCTGTTGATCTCTTCAGGATACTTGGTGAGCAAGTACAAATTGTTCGGGATAATAGCACTGATCTCATGTTATACAGAATTGCCTTGGCAACCATTCAGGTGATGATTGATTTTCAAGCAGCCGAAAAGAAGAGACTTGAAGAACCAGCTTCTGAAATTGGTCTGGAACCTTTATGTGCTATGATTAACAACAATTTGCGCTGCTATGACCTTGCAATGGAGCTAAGTAATAGCACCATAGAAGCCCTTCCACAGAACTATGCTGAGCAGGTTAATTTCGAAGATACCTGTAAGGGTTTTCTTGAGGTAGCCAAGGAAGCTGTGCATCAAACTGTCAGTGTGATATTTGAAGATCCTGGGGTCCAGGAGTTGCTGGTGAAGCTATACCAGAAAGAATGGAGTGAGGGGCAGGTTACTGAGTACCTGGTTGCAACATTTGGTGATTATTTTGGTGATGTAAAAATGTACATTGAAGAACGATCTTTTAGGAGATTTGTTGAAGCCTGCCTGGAAGAAACAGTGGTTGTTTATGTTGATCGTCTTTTAACACAGAAAAATTACATTAAGGAAGAAACTATTGAACGGATGAGGCTAGATGAGGAGGTTATCATGGATTTTTTTAGGGAACATATCAGTGTTTCTAAAGTTGAAAACAGAGTGAGTGTACTCAGCGACTTGAGGGAGCTTGCTTCAGCAGAGAGCCTGGATACCTTTACACTCATCTATACAAATATACTCGAACATCAACCTGACTGCCCGCCTGAAGTTGTAGAGAAACTCGTTGGTCTACGAGAGGGCATTCCTCGGAAGGATGCCAAGGAGGTCATTCAAGAGTGCAAAGAGATATATGAGAATTCACTTGTCGATGGAAGACCTCCAAAGGCAGGTTTTGTTTTTCGACGGGTGAAGTGCCTAACAGCAACCAAGGGAGGGCTTTGGCGTAAACTCACTTGAAGTACGATTCCATTCAGTTATTCATATAGCTTGTTTTGCCTGTTAAATTATTTGTTCCTTGTGCCTAATTCCCAAATGTTTTGCTGTCAATAGAAAAGTTTTGTAAAATTCATTTAAACAAGTCCGTAGTTCATGACACCCTCAGTTTATTTCAGCTCCCGTTCTCAGTTTTACCTTGAACCAAATGTGCTGTTGACATTTTCAAGATTACCTACCTCTCTGGGTGATTGTATTCAAAAGAATTAAAACAGTTAATCTTGTTTGCTTAACGTTGGAAACCACGTAGGTTCTGAATGTAATCCGGGAATATTTTTGTTCTGTGCGATTTAGGGTTTTTTTTTTTAAATTAGGAATGACACTAGATAGGATCTTATAATACTCATCCCCATACCCATTTCTAAAAATATTACTCTTTATCGGTTTCATACTCGCACAGTAACAA

>Glyma.01g140600.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.01g140600 ID=Glyma.01g140600.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.01G140600
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>Glyma.01g140600.10 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.01g140600.10.p locus=Glyma.01g140600 ID=Glyma.01g140600.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g140600.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.01g140600.3.p locus=Glyma.01g140600 ID=Glyma.01g140600.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.01G140600
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>Glyma.01g140600.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.01g140600.5 locus=Glyma.01g140600 ID=Glyma.01g140600.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g140600.6.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.01g140600.6 locus=Glyma.01g140600 ID=Glyma.01g140600.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.01g140600.9.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.01g140600.9 locus=Glyma.01g140600 ID=Glyma.01g140600.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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